biomcp | 通往MCP之路

BioMCP：生物医学模型上下文协议

BioMCP 是一个开源（MIT 许可证）工具包，旨在为 AI 助手和代理提供专业的生物医学知识支持。它基于模型上下文协议（Model Context Protocol, MCP）构建，能够将 AI 系统与权威的生物医学数据源连接，使其能够精准且深入地回答关于临床试验、科学文献和基因组变异的问题。

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为什么选择 BioMCP？

尽管大型语言模型（LLM）具备广泛的通用知识，但它们往往缺乏特定领域的专业知识或无法访问最新资源。BioMCP 在生物医学领域填补了这一空白，具体体现在：

提供对临床试验、生物医学文献和基因组变异的结构化访问

支持对专业数据库进行自然语言查询，无需了解其特定语法

通过一致的接口支持生物医学研究工作流程

作为 AI 助手和代理的MCP 服务器运行

生物医学数据源

BioMCP 集成了三个关键生物医学数据源：

PubTator3/PubMed - 带有实体注释的生物医学文献

ClinicalTrials.gov - 临床试验注册和结果数据库

MyVariant.info - 整合了多个数据库的遗传变异注释

可用的 MCP 工具

PubMed & PubTator3

article_searcher：通过基因、疾病、变异或关键词搜索文章

article_details：获取包括摘要和全文在内的详细文章信息

ClinicalTrials.gov

trial_searcher：支持按条件、干预、阶段等筛选的高级试验搜索

trial_protocol：详细的试验协议信息

trial_locations：试验地点和联系信息

trial_outcomes：结果和疗效指标

trial_references：相关出版物

MyVariant.info

variant_searcher：支持复杂筛选的遗传变异搜索

variant_details：整合了多个来源（CIViC、ClinVar、COSMIC、dbSNP 等）的全面注释

快速开始

针对 Claude Desktop 用户

安装 uv（如果尚未安装，推荐安装）：

配置 Claude Desktop：

打开 Claude Desktop 设置

导航到开发者部分

点击“编辑配置”并添加：

重启 Claude Desktop，开始讨论生物医学话题！

Python 包安装

命令行接口

BioMCP 提供了全面的命令行接口（CLI），用于直接与数据库交互：

测试与验证

使用 MCP Inspector 测试您的 BioMCP 设置：

这将打开一个 Web 界面，您可以在其中探索和测试所有可用工具。

企业版：OncoMCP

OncoMCP 在 BioMCP 的基础上扩展了 GenomOncology 的企业级精准肿瘤学平台（Precision Oncology Platform, POP），提供以下功能：

HIPAA 合规部署：安全的本地部署选项

实时试验匹配：最新的状态和分组级别匹配

医疗系统集成：无缝连接电子健康记录（EHR）和数据仓库

精选知识库：包含 15,000+ 试验和 FDA 批准信息

高级患者匹配：基于整合的临床和分子特征

先进自然语言处理（NLP）：从非结构化文本中提取结构化信息

全面生物标志物处理：突变和规则处理

了解更多：GenomOncology

MCP 注册

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文档

完整文档请访问：https://biomcp.org

BioMCP 示例仓库

想看看 BioMCP 的实际应用吗？

查看配套仓库： 👉 biomcp-examples

该仓库包含真实的提示、AI 生成的研究简报以及不同模型的评估运行。您可以使用它来探索功能、比较输出或为您的设置进行基准测试。

有自己独特的示例吗？ 我们欢迎您的贡献！ 只需 fork 仓库并提交带有实验的 PR。

许可证

本项目采用 MIT 许可证。